​Compañía Minera Aguilar S.A., subsidiaria argentina de St. Joe Minerals Corporation, descubre el depósito El Pachón en 1964. Entre 1969 y 1974 se desarrollaron varias campañas de perforaciones, y se construyó el primer camino para vehículos que llega a El Pachón. Ello permitió introducir equipos de perforación más potentes.

Los resultados finales del estudio de factibilidad se concluyeron en 1977.

Sin embargo, la situación económica y política en Argentina empeoró durante estos años, retrasando el avance del proyecto entre 1985 y 1988. En 1988, Minera Aguilar fue adquirida por Minera S.A. (Panamá) a través de San José S.A. (Panamá).

En 1990, RT Z Corporation adquiere un tercio de interés de Minera S.A.

En 1992, Minera S.A., propietaria de El Pachón, se reestructuró bajo Pachón S.A. Minera. Las concesiones mineras y derechos de superficie fueron transferidos de Minera Aguilar a Pachón S.A. Minera.

En septiembre de 1994, Cambior adquiere el 40% de interés en Pachón S.A. Minera.

Entre 1995 y 1996, Cambior completó el Estudio de Factibilidad del proyecto.

En 2001, Noranda compra el 100% de Pachón S.A. Minera. En el 2005 Noranda se fusiona con Falconbridge.

En 2006, Xstrata adquiere Falconbridge, con lo cual el proyecto El Pachón pasa a formar parte de la cartera de proyectos de Xstrata Copper. En esta nueva etapa, se realizan las mayores campañas de perforación en la historia del proyecto junto con el desarrollo de estudios adicionales en temas de ingeniería, minería, procesamiento, infraestructura y medio ambiente, desarrollados ahora bajo los rigurosos estándares de Xstrata Copper.

En octubre del 2012, a partir de una nueva modelación del yacimiento, que incorporó nuevas perforaciones correspondientes a campañas de perforación previas no consignadas con anterioridad, y por el uso de nuevos parámetros geotécnicos, metalúrgicos y económicos desarrollados en el marco de la actualización definitiva de los estudios de factibilidad del Proyecto se logró un aumento del recurso mineral. El total de recursos minerales se incrementó a tres mil trescientos millones de toneladas, con una ley de cobre de 0,47%, a una ley de corte de 0,2% de cobre, además de molibdeno y plata contenidos como subproductos. Esto representa un aumento de 20% en comparación con la anterior estimación de recursos minerales publicada en diciembre de 2011. El total de metal fino contenido aumentó en 16% a 15 millones de toneladas de cobre.

En mayo de 2013 el Proyecto El Pachón pasó a formar parte de Glencore plc, un líder a nivel mundial en producción y comercialización integrada de commodities, considerando, metales, minerales, energía y productos agrícolas. Glencore es el cuarto productor de cobre a nivel global y uno de los mayores productores de cobre fundido, refinado y reciclado, incluyendo materiales de terceros.